##########################################################################################

library(optparse)
library(ArchR)

##########################################################################################
option_list <- list(
    make_option(c("--comine_data_file"), type = "character"),
    make_option(c("--out_path"), type = "character") 
)

if(1!=1){

    ## 所有的细胞的
    comine_data_file <- "~/20231121_singleMuti/results/qc_atac_v3/germ/testis_combined_peak.combineRNA.qc.Rdata"

    ## 输出
    out_path <- "~/20231121_singleMuti/results/qc_atac_v3/germ/"

}

###########################################################################################
parseobj <- OptionParser(option_list=option_list, usage = "usage: Rscript %prog [options]")
opt <- parse_args(parseobj)
print(opt)

comine_data_file <- opt$comine_data_file
out_path <- opt$out_path

dir.create(out_path , recursive = T)

###########################################################################################
## 导入数据
b <- load(comine_data_file)
## testis_combined_peak_combineRNA

###########################################################################################
## ATAC的peak矩阵
saveArchRProject( testis_combined_peak_combineRNA , out_path )